1970年醫(yī)院建院后即成立藥房，1980年正式更名為藥劑科。科室現(xiàn)有工作人員37人，均為藥學(xué)人員，其中高級職稱5人，中級職稱18人，研究生以上學(xué)歷3人，本科學(xué)歷30人。
近年來在國家統(tǒng)計(jì)源期刊發(fā)表論文20余篇，承擔(dān)省市衛(wèi)生健康委員會(huì)等科研課題9項(xiàng)，承擔(dān)部分高校藥學(xué)專業(yè)畢業(yè)生實(shí)習(xí)帶教工作;開展藥師下臨床以及部分藥品基因序列檢測及血藥濃度監(jiān)測研究工作。
藥劑科是集藥品管理、藥學(xué)服務(wù)為一體的綜合性科室。藥劑科設(shè)有門診中藥房、門診西藥房、中心藥房、急診藥房、傳染病藥房、藥庫、臨床藥學(xué)室等部門。藥劑科是以標(biāo)準(zhǔn)化管理藥品供應(yīng)、以優(yōu)良藥學(xué)專業(yè)服務(wù)為目的調(diào)劑藥品、以合理用藥為核心結(jié)合教學(xué)、研究和專職臨床藥師為一體的醫(yī)院藥學(xué)綜合學(xué)科。藥劑科堅(jiān)持以《醫(yī)療機(jī)構(gòu)藥事管理規(guī)定》、《藥品不良反應(yīng)報(bào)告與監(jiān)測管理辦法》、《抗菌藥物臨床應(yīng)用指導(dǎo)原則》、《處方管理辦法》、《麻醉藥品和精神藥品管理?xiàng)l例》等作為工作標(biāo)準(zhǔn)和指南，建立健全各項(xiàng)規(guī)章制度和各級人員崗位職責(zé)。以《醫(yī)院藥師規(guī)范化培訓(xùn)大綱》為依據(jù)培養(yǎng)科內(nèi)人才隊(duì)伍。幾年來已經(jīng)初步形成了一整套科學(xué)管理體系。重視科室文化建設(shè)，努力營造和諧的工作氛圍，2012年榮獲雨花臺(tái)區(qū)藥品不良反應(yīng)監(jiān)測工作先進(jìn)單位，2013年被評為南京市醫(yī)療機(jī)構(gòu)示范藥房，2019年金陵藥業(yè)醫(yī)院藥學(xué)技術(shù)聯(lián)盟協(xié)作單位。
科室擁有全自動(dòng)藥品分包機(jī)、多通道熒光定量分析儀、高效液相色譜儀、紫外分光光度計(jì)、電子分析天平等先進(jìn)儀器設(shè)備。在醫(yī)院的支持下，近幾年相繼引進(jìn)或更新了一批藥品管理軟件。每月進(jìn)行住院醫(yī)囑、門診處方點(diǎn)評，針對不合理用藥、抗菌藥物使用和ADR監(jiān)測等進(jìn)行藥事管理預(yù)警干預(yù);開展治療藥物基因序列檢測、藥物血藥濃度監(jiān)測，并結(jié)合個(gè)體提出合理用藥方案的建議。